GSAD i Plant rDNA Database: dues plataformes obertes amb informació citogenètica sobre plantes
Conèixer la informació citogenètica sobre els vegetals és bàsic per classificar les espècies i per impulsar nous estudis en agricultura i millora dels conreus. Aquest és lʼobjectiu de dues plataformes en línia obertes a tota la comunitat científica que compilen informació cromosòmica i de la mida del genoma de diferents plantes. Els portals han estat desenvolupats pel Grup de Recerca EtnoBioFic, integrat per experts del Laboratori de Botànica de la Facultat de Farmàcia de la UB (unitat associada al CSIC), lʼInstitut Botànic de Barcelona (IBB-CSIC-ICUB) i la Universitat de París Sud (França).
Conèixer la informació citogenètica sobre els vegetals és bàsic per classificar les espècies i per impulsar nous estudis en agricultura i millora dels conreus. Aquest és lʼobjectiu de dues plataformes en línia obertes a tota la comunitat científica que compilen informació cromosòmica i de la mida del genoma de diferents plantes. Els portals han estat desenvolupats pel Grup de Recerca EtnoBioFic, integrat per experts del Laboratori de Botànica de la Facultat de Farmàcia de la UB (unitat associada al CSIC), lʼInstitut Botànic de Barcelona (IBB-CSIC-ICUB) i la Universitat de París Sud (França).
Plant rDNA Database és la primera base de dades que recull informació sobre la localització dels gens que codifiquen per al DNA ribosòmic (rDNA) de les plantes. Dʼaltra banda, el web Genome Size in Asteraceae Database (GSAD) recopila informació sobre la mida del genoma dʼuna de les famílies de plantes angiospermes més grans i econòmicament més importants: les asteràciescompostes (Asteraceae).
El nombre, la posició i lʼorganització dels gens del DNA ribosòmic (5S i 18S-5.8S-26S) en els cromosomes es consideren característiques dʼuna determinada espècie, gènere o grup de plantes. Aquesta informació és de gran valor, doncs, per a la recerca bàsica, lʼestudi del genotip, la biologia evolutiva i els programes de millora de plantes i cultius. «Consultant aquesta plataforma web, els investigadors poden saber quins resultats sʼhan publicat sobre els grups dʼestudi en qualsevol àmbit taxonòmic i accedir a un fons en el qual es pot analitzar i comparar les dades», explica Sònia Garcia, investigadora del Laboratori de Botànica de la Facultat de Farmàcia i membre del Grup de Recerca EtnoBioFic.
La base de dades sobre el DNA ribosòmic sʼha obtingut a partir de més de 600 publicacions científiques sobre citogenètica molecular de plantes. «Més del 50 % de les publicacions llistades són dels últims deu anys, una tendència que demostra lʼinterès creixent per aquesta informació i la necessitat de compilar-la», afirma Sònia Garcia. «Fins ara —continua la investigadora— aquestes dades eren molt difícils de trobar, i estaven disperses en una gran varietat de publicacions». La base de dades conté informació sobre la localització dels gens de DNA ribosòmic dʼangiospermes, gimnospermes, briòfits i pteridòfits.
Primera base de dades sobre la mida del genoma dʼuna família de plantes
El portal GSAD conté dades sobre la mida del genoma dʼaproximadament 1.200 espècies dʼAsteraceae, una de les grans famílies dʼangiospermes, recopilades a partir de 133 publicacions científiques. La família Asteraceae es distribueix per tot el món, amb lʼexcepció de lʼAntàrtida, i comprèn prop de 25.000 espècies, entre les quals nʼhi ha que són econòmicament importants, com ara el gira-sol, lʼenciam, la carxofa o el crisantem. Es tracta de la primera base de dades que recull aquesta mena dʼinformació centrada en una sola família de plantes.
El coneixement de la mida del genoma o la quantitat total del DNA del nucli cel·lular sʼutilitza en estudis comparatius de genètica evolutiva en éssers vius o com una eina per avaluar el cost dels programes de seqüenciació. «La GSAD informa directament els investigadors —sense que calgui buscar entre les nombroses dades repartides en la bibliografia científica— sobre tot allò que es coneix de la grandària del genoma en aquesta família», remarca Garcia. «Així, sʼeviten duplicitats dʼesforços i es poden detectar els buits en el coneixement o els temes que puguin atreure més interès en lʼestudi del genoma de les Asteraceae», conclou.
Aquestes dues eines posades a lʼabast de la comunitat científica internacional sorgeixen de la recerca del Grup EtnoBioFic, dirigit pel catedràtic Joan Vallès, del Departament de Productes Naturals, Biologia Vegetal i Edafologia de la UB i el Laboratori de Botànica de la Facultat de Farmàcia, i per la investigadora Teresa Garnatje, de lʼInstitut Botànic de Barcelona (IBB-CSIC-ICUB). El grup està interessat fonamentalment a comprendre la història evolutiva de diferents grups de plantes, així com lʼevolució del seu genoma i els processos implicats. A més dʼaquesta aproximació citogenètica, lʼequip també duu a terme treballs de filogènia i filogeografia. Completen les seves línies de recerca lʼestudi de la història de la botànica i les investigacions etnobotàniques, és a dir, recerques sobre les relacions entre persones i plantes i el saber popular sobre el món vegetal —en concret, als territoris de llengua catalana—, sobretot amb estudis etnoflorístics i fent una atenció especial als usos medicinals i alimentaris de les plantes.