SCALPEL: analitzar l’expressió gènica en alta resolució
Les instruccions bàsiques del funcionament cel·lular estan escrites a la seqüència genètica de l’ADN, que és pràcticament idèntica en totes les cèl·lules del cos. La seva interpretació varia molt, però, segons el teixit en què es trobi, segons les condicions fisiològiques i segons la fase de desenvolupament. Aquesta variabilitat és resultat de la regulació de l’expressió gènica, que selecciona quins fragments concrets de l’ADN es transcriuen a l’ARN missatger (ARNm) i que també controla la maduració d’aquest mateix ARNm.
Les instruccions bàsiques del funcionament cel·lular estan escrites a la seqüència genètica de l’ADN, que és pràcticament idèntica en totes les cèl·lules del cos. La seva interpretació varia molt, però, segons el teixit en què es trobi, segons les condicions fisiològiques i segons la fase de desenvolupament. Aquesta variabilitat és resultat de la regulació de l’expressió gènica, que selecciona quins fragments concrets de l’ADN es transcriuen a l’ARN missatger (ARNm) i que també controla la maduració d’aquest mateix ARNm.
En el cas de la regulació posttranscripcional, un dels mecanismes essencials és la poliadenilació alternativa (PAA), que consisteix a definir quins fragments d’ADN s’inclouen en l’ARNm final. Les regions terminals de l’ARNm normalment no afecten la funció de les proteïnes relacionades, però sí la seva regulació i localització. Això fa de la PAA un mecanisme decisiu per a la diferenciació i el desenvolupament cel·lulars i la resposta a estímuls ambientals. De fet, algunes alteracions en aquests patrons de PAA s’han relacionat amb l’alteració de l’expressió gènica i l’aparició de tumors.
Per conèixer millor aquest fenomen, calen eines de transcriptòmica que analitzin l’ARNm en cada cèl·lula individual. Ara, un grup de recerca de la Universitat de Barcelona i l’Institut d’Investigació Biomèdica de Bellvitge (IDIBELL) acaba de presentar SCALPEL, una eina que permet quantificar i caracteritzar els ARN missatgers de cèl·lules individuals amb una sensibilitat i especificitat significativament més elevades que els mètodes existents.
El treball, publicat a la revista Nature Communications, el dirigeix Mireya Plass, professora de la Facultat de Medicina i Ciències de la Salut i cap del Grup de Recerca en Regulació Gènica de la Identitat Cel·lular de l’IDIBELL.