Desenvolupat un nou mètode avançat de simulacions dʼADN
Un mètode de simulació desenvolupat al Laboratori de Modelització Molecular i Bioinformàtica de l'Institut de Recerca Biomèdica (IRB Barcelona), dirigit per Modesto Orozco, catedràtic del Departament de Bioquímica i Biologia Molecular de la Universitat de Barcelona, permet estudiar canvis estructurals de l'ADN i la seva interacció amb proteïnes i fàrmacs. El nou model, publicat a Nature Methods, ha estat desenvolupat en col·laboració amb el Barcelona Supercomputing Center (BSC) i laboratoris d'Anglaterra i els Estats Units, i permet simular la dinàmica de l'ADN a escala atòmica «amb una exactitud excepcional», celebren els investigadors, després de cinc anys de treball i d'haver-lo testat en més de cent sistemes d'ADN.
Les dades estan allotjades en un lloc web públic que ja suma més de 4 terabytes d'informació, accessible a través de l'Institut Nacional de Bioinformàtica (INB) i de la xarxa Elixir-Excelerate, la principal infraestructura de dades de ciències de la vida a Europa.
Simulació d'un ADN circular o miniplàsmidi. (P Dans, IRB Barcelona)
Article de referència:
I. Ivani, P. D. Dans, A. Noy, A. Pérez, I. Faustino, A. Hospital, J. Walther, P. Andrio, R. Goñi, A. Balaceanu, G. Portella, F. Battistini, J. Ll. Gelpí, C. González, M. Vendruscolo, C. A. Laughton, S. A. Harris, D. A. Case i M. Orozco. «Parmbsc1: as refined force-field for DNA simulations». Nature Methods, novembre de 2015. Doi: 10.1038/nmeth.3658
Un mètode de simulació desenvolupat al Laboratori de Modelització Molecular i Bioinformàtica de l'Institut de Recerca Biomèdica (IRB Barcelona), dirigit per Modesto Orozco, catedràtic del Departament de Bioquímica i Biologia Molecular de la Universitat de Barcelona, permet estudiar canvis estructurals de l'ADN i la seva interacció amb proteïnes i fàrmacs. El nou model, publicat a Nature Methods, ha estat desenvolupat en col·laboració amb el Barcelona Supercomputing Center (BSC) i laboratoris d'Anglaterra i els Estats Units, i permet simular la dinàmica de l'ADN a escala atòmica «amb una exactitud excepcional», celebren els investigadors, després de cinc anys de treball i d'haver-lo testat en més de cent sistemes d'ADN.
Les dades estan allotjades en un lloc web públic que ja suma més de 4 terabytes d'informació, accessible a través de l'Institut Nacional de Bioinformàtica (INB) i de la xarxa Elixir-Excelerate, la principal infraestructura de dades de ciències de la vida a Europa.
Simulació d'un ADN circular o miniplàsmidi. (P Dans, IRB Barcelona)
Article de referència:
I. Ivani, P. D. Dans, A. Noy, A. Pérez, I. Faustino, A. Hospital, J. Walther, P. Andrio, R. Goñi, A. Balaceanu, G. Portella, F. Battistini, J. Ll. Gelpí, C. González, M. Vendruscolo, C. A. Laughton, S. A. Harris, D. A. Case i M. Orozco. «Parmbsc1: as refined force-field for DNA simulations». Nature Methods, novembre de 2015. Doi: 10.1038/nmeth.3658